药物代谢产物来源于药物的代谢反应，代谢产物的结构与代谢反应的类型、前体化合物结构性质密切相关。
药物在体内发生代谢转化后，一般仅在母体药物的基础上进行部分结构修饰，药物母体结构一般不会有太大的变化，因此代谢物与母体药物常有着相似的质谱特征离子，据此可以对代谢物进行识别，并结合其他碎片特征，对其结构做出合理推断。
在进行药物代谢产物分析时还需要将代谢物的ProC-TOF谱与合成品MS谱相对照，化学结构最终还要借助核磁共振图谱来确定。也可以用多级质谱分析技术(MSn)直接获得母体分子和代谢物分子结构信息，此时不需要制备纯代谢产物，生物样品只需经过简单的预处理。
在药物代谢产物分析检测中，质谱技术因具有适用范围广、灵敏度高等优势而成为药物代谢产物的主要检测手段。而由于药物代谢产物的背景基质较为复杂，直接质谱进样对药物代谢产物的离子化效率影响极大，因此在药物代谢产物分析过程中，ProC-TOF可与液相色谱、气相色谱等分离能力较强的色谱技术串联使用。
质谱法测定入血成分快速、微量、精确，可以解决血浆成分分析中存在的含量低、组分多、分离难、生物个体差异大的难题。
将超高效液相色谱和质谱技术联用，用于药物代谢产物分析，可以确定药物中的主要化学成分以及药物在动物体药物原型成分，为寻找药物中的活性化学物质提供基础。
心邀生物可以为客户提供药物代谢产物分析服务，其药代动力学实验室已经通过CFDA的GLP认证，实验研究遵循ICH、CFDA和FDA的指导原则，可以根据客户需求设计并开展体内、体外药代动力学试验，为客户提供一整套药代动力学评价和优化服务。
为了鉴定湿热痹胶囊给予大鼠后血浆、尿液和粪便中的代谢产物，有研究者采用色谱柱为Waters C18(2.1 mm×50 mm，1.7μm)，柱温40.流动相:0.1%甲酸水溶液-0.1%甲酸乙腈溶液，梯度洗脱.超高压液相色谱-飞行时间质谱仪采用电喷雾电离离子源，正、负离子模式检测。
进行药物在动物体内的代谢产物分析，可以为进一步研究药物的代谢产物以及作用机制提供重要信息，因此作用巨大。
ProC-TOF-MS可与其他分析方法联用，如色谱仪、电泳等，这使质谱的应用范围进一步扩大。如有研究者采用超高压液相色谱-飞行时间质谱仪进行药物在大鼠体内的代谢产物分析，来探究药物发挥药效的物质。