近年来世界医药工业飞速发展，新药的研发竞争日趋激烈，其中天然产物和微生物代谢物是极为重要的新药开发资源，从中寻找新结构活性化合物作为先导化合物，以此为基础开展新药的合成或半合成研究是化学药品投资研发的热点。
制药和生物技术行业仍然是全球医疗保健系统的重要组成部分。在线质谱仪可安装在制药行业的主要制造阶段,发挥着不可替代的作用，以下是在制药过程中的使用。
质谱分析法是药物分子结构解析的重要手段之一，低分辨质谱测试可以通过正负离子检测模式初步确定化合物的分子质量，高分辨质谱通过对化合物准确质量数计算化合物的元素组成。
高分辨飞行时间质谱通过对化合物准确质量数的测定推断化合物的分子式，具有灵敏度高、分析速度快等优点，现已成为药物研发中化合物结构鉴定的重要工具
发酵控制
在发酵过程中，细菌的生长和药物的生产是在非常紧张的条件下进行的。在该过程的几个阶段，通气速率、温度和养分剂量受到非常密切的调节。
在线质谱仪用于对发酵罐的进气和废气进行全面、快速和精确的分析，用于计算呼吸商数RespiratoryQuotient(RQ)，RQ是控制细菌生长和健康的主要参数。
在批量发酵过程的不同阶段，RQ值会发生变化，从而实现**和高效的药物生产。对微量副产物的额外分析允许快速调整工艺以避免不需要的反应。
一台ProC-TOF在线质谱仪通过多点采样阀分析多个样品，采样头安装在每个发酵罐顶部，可替代多台红外和氧气分析仪，有更好的经济性和方便管理。
溶剂干燥
制药商根据统计数据，通过干燥过程终点的终止来控制药物活性成分，可以节省大量的时间和能源。
为避免中断过程(在实验室对产品进行采样和分析)和整批产品可能受到的污染，许多生产商选择过度延长干燥过程。
由于顶空与材料中溶剂的浓度密切相关，监测干燥材料上方的大气成分，通过分析顶空蒸气来确定干燥过程终点。在线质谱仪让您能够查看溶剂随时间变化的浓度曲线，确定干燥完成的确切时间点。
溶剂回收
由于干燥过程中使用了大量化学溶剂，质谱法是溶剂回收应用中可行且经济的分析技术。可实现分析的灵活性和 ppb检测限，质谱法作为单一分析方法，能够快速灵活地分析数量众多的化合物。
通过在线质谱仪制药厂的溶剂回收过程的控制大大简化，分析的选择批次之间连续进行，能够排放到大气中的气体符合环保要求。
ProC-TOF在线质谱仪制药过程中，对于溶剂含量监测、配方开发、辅料研究、质量保证/质量控制发挥重要的作用。